A Vila Maria Zélia está inserida em uma Zona Especial de interesse Social da Mooca (ZEI-14), conforme a Lei 16.042/16² (São Paulo, 2016), sendo considerada de uso misto. A sua principal característica é viabilizar a diversificação de usos, segundo a Lei 13.885/04, e promover densidades médias e baixas, sendo uma zona em que se pretende mais a preservação da morfologia urbana existente e acomodação de novos usos, do que a intensa transformação.
Ao seu redor estão as zonas de Centralidade (ZC), utilizadas como subcentros regionais; Zonas de Interesse Social 3 (ZEIS 3), identificadas pela intensa ocupação de imóveis deteriorados e subutilizados, cuja prioridade é a implantação de empreendimentos de interesse social. Há também, a Zona Eixo de Estruturação da Transformação Urbana previsto (ZEUP), a Zona Especial de Proteção Ambiental (ZEPAM) e a Zona Predominantemente Industrial. (ZDE-1).
Tratando-se ainda do Plano Diretor, a região da vila encontra-se em uma área com coeficientes de aproveitamento (CA) básico igual a 1, máximo de 2 e usos residenciais e não residenciais.
Zoneamento do entorno da Vila Maria Zélia. Mapa baseado em dados da Subprefeitura da Secretaria Municipal de Planejamento Urbano da Prefeitura de São Paulo